指揮中心4月15日宣布，4月22日起，參加旅行團旅客及旅行社工作人員須打滿第3劑新冠疫苗，由於指揮中心並未事先通知，把旅行社打了個措手不及。交通部觀光局、民航局等緊急協商後今日宣布，18日前預定於22日後出團的團體，如旅客未打第3劑，業者可於21日前檢附團客的疫苗小黃卡或健保App截圖等相關證明，向航空業者申請免手續費退、改票。
指揮中心日前要求4月22日起參加旅行團旅客及旅行社工作人員須打滿第3劑，但由於指揮中心事先並未和觀光局或旅行社業者等協商過，引發民怨。觀光局表示，為減少旅遊糾紛，經與行政院消保處研商後，立即於事發當日發布新聞稿，說明解約退費處理原則：4月22日以後出發的旅遊團，未接種第3劑旅客，適用國內旅遊定型化契約第13條規定，即旅行社應提出已代繳的行政規費或已支付的必要費用之單據，如航空公司退票手續費、旅宿之取消費用等，經核實後予以扣除，並將餘款退還旅客。
不過為協助旅客降低前述已支付必要費用，交通部長王國材又指示民航局及觀光局跟航空公司、旅宿業者溝通，減免或減低相關退票、訂房手續費。國內航線航空業者則同意4月18日前預定於4月22日後出團團體，如旅客未打第3劑疫苗，旅行業者可於4月21日前檢附團體旅客的疫苗小黃卡或健保App截圖等相關證明，申請免手續費退、改票；自4月22日之後的團體旅遊即依指揮中心規定辦理。
觀光局亦協助旅行業者與旅宿業者溝通，基於旅館業者量體規模不同，與每一家旅行社的合作基礎亦不一，旅館業者已表示會就合作關係，本於互助互惠精神，以維繫雙方長期建立夥伴關係及後續互信合作基礎與旅行業者協商處理，俾減少消費者損失。