瓶底周圍容易鏽蝕、盛裝的飲料香氣過強，導致無法再裝其他飲料等，保溫瓶用久以後，會發現內部開始發生有如紅斑狀的鏽蝕痕跡，可是保溫瓶的材質是不鏽鋼，根本不易生鏽，所謂的鏽蝕痕跡其實只是變色，而造成變色的原因就來自於水裡所含有的鐵質。
清潔不鏽鋼製品時，可用小蘇打來進行清理，只要取水盆倒入熱水與小蘇打，並將保溫瓶浸泡在裡頭10分鐘左右，最後再用奶瓶刷刷洗即可。若手邊沒有奶瓶刷的話，也可以用長筷夾海綿伸入保溫瓶清洗，並以清水多沖洗幾遍，保溫瓶就會變得乾乾淨淨。
清洗保溫杯注意事項：
由於塑膠部分不適合放入熱水裡清洗，在清洗蓋子或塞子的時候，一定要詳閱說明書以確認是否可放入熱水煮沸，要是不能丟入熱水煮沸的話，一定要先將密封圈或彈簧等分離部件另外拿掉，再放入經溫水與醋調和的醋水裡浸泡約10～20分鐘，並以清潔水杯吸管的細刷子或極細毛牙刷來刷洗。若是細刷子與極細毛牙刷仍然難以進行刷洗的話，可將廚房紙巾包覆在牙籤後，再伸入這些保溫瓶部件裡刷洗，最後以清水沖洗，即可洗掉大部分的污垢。此外，當清洗完畢這些部件後，一定要保持完全乾燥，哪怕上面只殘留一點點的水氣，一旦蓋子蓋上、組合成保溫瓶原樣，就會產生異味且使保溫能力降低。
保溫瓶上累積水漬或產生鏽蝕時，可倒入一點醋，並用海綿或抹布擦拭，就可以把保溫瓶清理得乾乾淨淨囉！
除了日常清潔，使用不鏽鋼內膽的保溫杯，平常要避免裝白開水以外的有色飲料，當保溫杯內壁出現刮痕或損傷，最容易藏汙納垢有細菌，代表該更換一個新的。
相較普通不鏽鋼材質，選擇陶瓷內膽的保溫杯，不挑飲品又好清潔，不管是牛奶、中藥、果汁或咖啡都可以安心喝，除了解決殘留味道、卡汙卡色的問題，也比較沒有變質或融出金屬物質的風險，是最安全的材質首選；建議挑選杯口無塑膠圈的款式，省去拆卸零件清潔的麻煩，更能遠離塑化劑危機。
方法一：小蘇打粉
- 將小蘇打倒入水裡，並將保溫瓶放入小蘇打水裡浸泡
- 以刷子刷洗保溫瓶，仔細刷洗蓋子每個角落 分離的零件要分開洗滌
方法二：蛋殼
蛋殼內的白膜能溶解水漬與澱粉溶解（白米或粗鹽也有效果）- 蛋殼洗乾淨後搗碎，與少量清水一起倒進保溫瓶裡，
- 用手蓋住保溫瓶瓶口後，上下搖晃數秒
方法三：白醋
- 用溫水稀釋食用醋
- 倒入保溫瓶靜置30秒以上再倒出
- 這時用刷子刷洗就可以消除水漬、紅斑，有除臭、殺菌的作用